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Dados sobre o genoma do pessegueiro

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A Universidade Clemson, EUA, desenvolveu um projeto para o seqüenciamento de pessegueiros, Prunus pérsica, o que resultou  num banco de dados, com acesso online desde o dia primeiro de abril, conhecido como pêssego v1.0 (peach v1.0). Os dados que estão sendo disponibilizados pela International Peach Genome Initiative (IPGI), foram obtidos a partir do seqüenciamento da cultivar Lovell, pois esta possui uma característica genética única o que a destaca das demais variedades cultivadas na fazenda experimental da universidade.

O objetivo da pesquisa foi o de estabelecer essa espécie como um modelo de genoma para a identificação e compreensão da expressão de genes chave, tais como os ligados ao crescimento das árvores e à queda das folhas. Esse conjunto de dados representa um esboço inicial do genoma. Os pesquisadores acreditam na alta qualidade das informações apresentadas no banco de dados, no entanto, eles sabem que existem falhas, conhecidas ou não, e discrepâncias que deverão ser discutidas. Eles identificaram, por exemplo, em algumas situações de menor importância, onde as seqüências foram corretamente atribuídas a um local, mas a orientação ainda está sendo avaliada.

A escolha da P. pérsica para esse estudo se deve ao fato dela ser considerada uma das espécies geneticamente mais bem caracterizadas dentro da família das Rosáceas.  Possui também vantagens que a tornam adequada para servir como um modelo de genoma para os vegetais do gênero Prunus, assim como para outras espécies dessa mesma família, tais como a maçã, a pêra, morango, dentre outras.  

Das espécies pertencentes a esse mesmo gênero, o pêssego é um representante diplóide (n= 8) e com um genoma relativamente pequeno, cerca de 220 a 230 Mbp, dados esses baseados no pêssego v1.0. Outras informações sobre essa espécie podem ser encontradas, tais como o número de genes que expressam características importantes relacionadas ao desenvolvimento do fruto e da flor, hábitos de crescimento das árvores, dormência, resistência ao frio e a doenças e pragas.

Esse conjunto de informações genéticas foi gerado a partir do DNA da cultivar Lovell, duplo haplóide, isto é, os genes e o DNA de intervenção são fixos ou iguais para todos os alelos e para as duas cópias cromossômicas do genoma. Por meio da avaliação de mais de 200 repetições de seqüências simples (SSRs, simple-sequence repeats), foi possível comprovar a natureza duplo haplóide dessa espécie, o que tem facilitado a montagem precisa e consistente do genoma do pêssego.

O seqüenciamento do genoma do pessegueiro foi realizado pelo método Sanger (“método didesoxi” ou “terminadores de cadeia”) que consiste em identificar, continuamente e sequencialmente durante o processo, o último nucleotídeo incorporado na extremidade de alongamento da cadeia. Os produtos da reação deverão também portar uma “marca” que permita detectá-los na etapa de análise. A montagem do genoma foi realizada por um programa chamado Arachne, abrangendo 99% do genoma do pessegueiro, com mais de 92% da ordenação dos nucleotídeos confirmada.  As informações obtidas nesse estudo, mostram que o pêssego tem cerca de 28.689 transcritos e 27.852 genes, no entanto, os pesquisadores acreditam que o seqüenciamento total ainda levará alguns anos para ser concluído.
09/04/2010
Arlei Maturano - Equipe Biotec AHG
 

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